Os percursos de certificação dos jovens da E2OM são autorizados anualmente pelo ME, tendo por referência os percursos EFA, para os alunos adultos e PIEF para os alunos menores de idade, com as necessárias adaptações. Estes percursos formativos são organizados em módulos flexíveis ajustados às necessidades e interesses dos jovens e são desenvolvidos através de um Plano Individual de Formação (PIF), construído a partir de um balanço inicial de competências que posiciona os formandos nos referenciais de formação, que respeitam os documentos de orientação curricular em vigor, promovendo competências básicas de literacia, pessoais, sociais e de cidadania, profissionais e tecnológicas, expressões artísticas e desporto. No caso dos jovens adultos, a E2OM oferece módulos/itinerários de formação profissional, complementares aos percursos de tipo EFA escolar, em articulação com o IEFP, que incluem experiências e estágios em contextos de trabalho, em Portugal e na Europa.